Při FPBT bylo v roce 1997 na základě dohody s Odborem potravinářské výroby MZe ČR ustaveno Školící a konzultační středisko na podporu zavádění systému kritických bodů v potravinářské výrobě. Středisko je koordinováno pracovníky ústavu. V prvních letech byly pravidelně organizovány základní kurzy zavádění systému kritických bodů, později byly aktivity rozšířeny na speciální kurzy jako příprava pro certifikaci Manažer HACCP, výcvik auditorů pro vnitřní audity HACCP, pravidelně jsou pořádány kurzy Udržování systému kritických bodů. V souvislosti s rozšířením zákonné povinnosti zavádět systém kritických bodů i v provozovnách společného stravování Středisko spolupracuje se členy Poradního sboru Hlavního hygienika ČR a zajišťuje také vzdělávání pracovníků společného stravování a gastronomie. Kromě uvedených činností jsou pracovníci ústavu v orgánech a komisích certifikačních společností, zejména České společnosti pro jakost. Středisko spolupracuje také s Potravinářskou komorou ČR v problematice vzdělávání a při konzultacích v oblastech zajišťování zdravotní nezávadnosti a jakosti potravin.