Vědecko-výzkumná činnost je integrální součástí života fakulty. Probíhá v širokém spektru základního i aplikovaného výzkumu a je zajišťována získáváním grantů ve veřejných soutěžích, zakázek od průmyslové sféry a v menší míře i vnitřním grantovým systémem VŠCHT. Vysoká úroveň výzkumu může být dokladována vysokou úspěšností předních pracovníků fakulty v získávání mezinárodních i tuzemských grantů. Fakulta byla v r. 1995 zapojena do mezinárodních grantů (Tempus-Phare, Copernicus, COST, Česko-americký program), do projektů GA ČR a do programů jiných agentur (např. Ministerstva hospodářství, Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy, Ministerstva zemědělství, Ministerstva životního prostředí).

Snahou fakulty je udržet a dále zlepšit strukturu vědecko-pedagogických pracovníků fakulty, modernizovat instrumentální vybavení, motivovat ve větší míře studenty pro vědecko-výzkumnou činnost a prohlubovat vědeckou spolupráci doma i v zahraničí. Nedílnou součástí vědeckého programu fakulty vždy byla a zůstane co nejširší spolupráce s českými průmyslovými podniky a institucemi. V tomto směru očekává FPBT další podněty po období restrukturalizace a privatizace podniků.

Výzkumné záměry fakulty:
Základní směry dlouhodobého záměru výzkumu - Věda, výzkum a trendy jejich rozvoje na FPBT VŠCHT