FPBT udržuje rozsáhlé styky s vysokými školami po celém světě, především v Evropě a USA. Kromě již zmíněné přímé vědecké spolupráce na společných výzkumných projektech rozvíjí se spolupráce v oblasti pedagogické i na úrovni mezinárodních vědeckých společností. Fakulta umožňuje studentům, kteří pro to mají jazykové i odborné předpoklady, stáže i studium v zahraničí. V některých případech je možné současně s titulem naší vysoké školy získat i titul zahraniční. Na druhé straně přichází na fakultu studovat i stážovat (v rámci projektů Tempus, Copernicus, IAESTE, kursů UNIDO aj.) mnoho studentů z nejrůznějších zemí světa.

Učitelé fakulty působí v řadě mezinárodních společností, jako jsou např. IUPAC (Mezinárodní unie čisté a aplikované chemie), IUFoST (Mezinárodní unie potravinářských věd a technologií), EFFoST (Evropská federace potravinářských věd a technologií), ICC (Mezinárodní asociace pro cereální chemii a technologii), CITS (Mezinárodní organizace cukrovarnických technologů), ICUMSA (Mezinárodní organizace pro jednotné metody v analytice sacharidů), AEP (Evropská asociace pro výzkum luštěnin), EFB (Evropská biotechnologická federace), ECB (Evropská pivovarská konvence), IIF-IIR (Mezinárodní ústav pro chladírenskou a mrazírenskou techniku), ILSI (Mezinárodní vědecký komitét pro vědy o životě), EC CE/AMST (Evropské konsorcium pro vzdělávání v oboru technologie masa), IAEAC (Mezinárodní asociace pro analytickou chemii životního prostředí), EMBO (Evropská organizace mikrobiologických společností), FEBS (Federace evropských biotechnologických společností), FECS (Federace evropských chemických společností) a řadě dalších. Dále jsou učitelé fakulty členy redakčních rad odborných časopisů u nás i v zahraničí a příležitostně přednášejí i na zahraničních vysokých školách.