Fakulta je tvořena pěti ústavy, které jsou dále uvedeny v pořadí interních čísel pracovišť: Navštivte přímo domovské stránky 215-Ústav technologie ropy a alternativních paliv (ÚTRAP) Vedoucí: Prof. Ing. Gustav Šebor, CSc. 216-Ústav plynárenství, koksochemie a ochrany ovzduší (ÚPKOO) Vedoucí: Doc. Ing. Karel Ciahotný, CSc. 217-Ústav technologie vody a prostředí (ÚTVP) Vedoucí: Doc. Ing. Pavel Jeníček, CSc. 218-Ústav energetiky (ÚEN) Vedoucí: Prof. Ing. Václav Janda, CSc. 240-Ústav chemie ochrany prostředí (ÚCHOP) Vedoucí: Doc. Ing. Dr. Martin Kubal