Pro absolventy bakalářských studijních programů v oblasti chemické technologie, chemie a v dalších přírodovědných a technických oborech nabízí VŠCHT Praha celou řadu dvouletých navazujících magisterských studijních programů, po jejich ukončení získají titul inženýr (Ing.).
| Obory: | Základní a speciální anorganické technologie | Technologie organických látek a chemické speciality | Aplikovaná informatika v chemii |
| Obory: | Anorganické nekovové materiály | Materiály pro elektroniku | Kovové materiály | Polymerní materiály | Nanomateriály |
| Obory: | Anorganická chemie | Organická chemie | Makromolekulární chemie |
| Obory: | Syntéza léčiv | Výroba léčiv |
| Obory: | Technologie konzervování a restaurování | |
| Obory: | Chemie a technologie paliv a prostředí | Chemie a technologie ochrany životního prostředí | Technologie vody | Analytická chemie životního prostředí |
| Obory: | Biotechnologie | Mikrobiologie | Obecná a aplikovaná biochemie |
| Obory: | Chemie přírodních látek | Kvalita a bezpečnost potravin |
| Obory: | Chemie a technologie sacharidů, Konzervace potravin a technologie masa, Technologie mléka a tuků | |
| Obory: | Laboratorní metody a příprava léčivých přípravků | |
| Obory: | Biotechnologie léčiv | |
| Obory: | Analytická chemie a jakostní inženýrství | Fyzikální chemie | Molekulární inženýrství |
| Obory: | Analýza léčiv | |
| Obory: | Ekonomika a management chemických a potravinářských podniků | |
| Obory: | Chemické inženýrství, bioinženýrství a matematické modelování procesů | Inženýrská informatika a řízení procesů |
| Obory: | Aplikovaná inženýrská informatika | |
| Akademický rok: 2011/12 |