Mikrobiologie jako buněčná a molekulární biologie jednobuněčných organizmů je nejen široce angažovaným, ale i mimořádně dynamickým oborem současnosti. Výuka je orientována na buněčnou a molekulární podstatu bioprocesů a mikrobiální patogenity, a to v průmyslovém, medicínském, potravinářském a ekologickém kontextu. Mimo jiné, studium navazuje na základní kurz biochemie, biologie a mikrobiologie, předchozího fakultního studia. Získané teoretické znalosti i experimentální a další zručnosti určují možné uplatnění absolventa v oblasti všech biotechnologií, výzkumu i příslušné kontrolní a komerční praxi.
Cílem je studijní příprava, kterou absolvent získává teoretickou znalost i schopnost její aplikace v kontextu biologické funkce i průmyslové aplikace mikroorganizmů a mikrobiologické metodologie. Studijní program i jeho harmonogram kombinují jednotlivé předměty se záměrem nejen pochopit všechny aspekty biologických procesů mikroorganizmů, ale i zvládnout prostředky jejich cílených změn i jejich průmyslové a další aplikace.
V této souvislosti program uvedeného oboru logicky spojuje discipliny biologické (buněčnou a molekulární biologii, buněčnou a molekulární genetiku, buněčnou fyziologii) s disciplinami chemickými, inženýrskými i s konkrétními technologiemi (tedy s anorganickou, organickou, fyzikální, analytickou chemií a biochemií, chemickým inženýrstvím a bioinženýrstvím, širokou aplikací výpočetní techniky a biotechnologiemi řady individuálních směrů). Tento základ pak rozšiřují další předměty daného oboru: např. enzymologie, genové inženýrství, genomika, fysiologie mikroorganismů, hygienicko-klinická mikrobiologie, potravinářská mikrobiologie, biochemie sekundárních metabolitů, mikrobiologie životního prostředí, fysiologické inženýrství i potravinářská a biotechnologická legislativa. Nutným, samostatným cílem oboru Mikrobiologie je rovněž okamžitá reakce jeho výuky na novou faktografii i nové dílčí směry, včetně požadavků, které přinášejí (genové manipulace, klonování, genové terapie, nová biofarmaka, nové produkty biotechnologií atd.)
Široký interdisciplinární profil tohoto oboru i cílené spojení chemického, inženýrského a biologického zaměření podstatně rozšiřuje možnosti uplatnění jeho absolventů: tzn. nejen ve vědě a výzkumu, vedoucích a řídícících funkcích oblasti biotechnologií, ale i v odvětvích, které odborníky dané orientace naléhavě potřebují (potravinářský, farmaceutický, chemický průmysl, ochrana a dekontaminace životního prostředí a další). Absolventi rovněž najdou uplatnění jako specialisté státní správy a specialisté kontrolních orgánů různých zaměření.
° Studijní plán