Prosím čekejte...
Nepřihlášený uživatel
logo VŠCHT
iduzel: 30011
idvazba: 38199
šablona: api_html
čas: 17.8.2022 02:39:24
verze: 5118
uzivatel:
remoteAPIs: https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/
branch: trunk
Server: 147.33.89.150
Obnovit | RAW

Seminář chemického modelování

Přednáška Cvičení/laboratoř
2020, letní semestr
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
Po
Út
St
Čt
Kredity 3
Rozsah 0 / 3 / 0
Examinace KZ
Jazyk výuky čeština
Úroveň bakalářský předmět
Garant prof. RNDr. Pavel Drašar, DSc.

Anotace

Seminář seznamuje studenty se základy molekulového modelování a s tím spojenými předpověďmi základních pozorovatelných veličin, které se strukturou molekul souvisí.

Sylabus

1. Editory chemických struktur (CS/ChemDraw, ACD/ChemSketch, MDL/IsisDraw, BioRad/DrawItAll). Přenesení dvourozměrné representace molekuly do textového editoru (MS Word), případně do grafického editoru (Corel Draw, Adobe Illustrator).
2. Použití editoru chemických struktur k výpočtu identifikátorů SMILES, INCHI a k vyhledávání dat pro zadanou strukturu na Internetu
3. Použití editorů chemických struktur CS/ChemDraw, ACD/ChemSketch k předpovědi (výpočtu) názvů sloučenin, složení a pozorovatelných (fyzikálně chemických) vlastností (rozpustnost, index lomu, dielektrická konstanta, teplota varu a tání, tautomerní formy, logP)
4. Předpověď spektrálních charakteristik pomocí editorů chemických struktur CS/ChemDraw, ACD/ChemSketch (hmotová spektra a NMR spektra)
5. Získání trojrozměrných representací sloučenin pomocí ACD/ChemSketch a převod strukturních vzorců z CS/ChemDraw do CS/Chem3D, správné vyjádření chirality v dvojrozměrném zápisu a její trojrozměrná representace
6. Optimalizace trojrozměrných struktur pomocí programu CHARMM v ACD/ChemSketch a pomocí programu MM2 (3), odečítání mezimolekulových vzdáleností a torzních úhlů, XYZ koordináty a zápis trojrozměrné struktury v souboru MDL/MOL a Z matice. Přenesení trojrozměrné representace molekuly do textového editoru (MS Word), případně do grafického editoru (Corel Draw, Adobe Illustrator).
7. Optimalizace trojrozměrných struktur pomocí programu GAUSSIAN 03 W z prostředí CS/Chem3D a srovnání s výsledky výpočtu MM. Volba parametrů výpočtu (metody, báze atp.). Vysvětlení lokálního minima a jeho demonstrace. Molekulová dynamika.
8. Výpočet rozložení náboje/elektronů ve sloučenině a jeho zobrazení pomocí molekulárních povrchů s různým zabarvením. Výpočet van der Waalsových sterických nároků a jeho zobrazení v prostředí CS/Chem3D.
9. Výpočet infračerveného spektra pomocí programu GAUSSIAN 03 W z prostředí CS/ChemDraw. Volba parametrů výpočtu (metody, báze atp.)
10. Výpočet slučovacího a spalného tepla (energie) a konstrukce grafu konformační analýzy.
11. Srovnání pevnosti a konformační rigidity esterové a amidové (peptidové vazby).
12. Volný seminář, samostatná práce s programy CS/ChemDraw-CS/Chem3D.
13. Samostatný projekt k zápočtu.
14. Samostatný projekt k zápočtu.

Literatura

D: Caffery ML Dobosh PA, Richardson DM, Laboratory Excercises using Hyperchem, Hypercube 1998.
D: Spartan 04 Windows, Tutorial and User Guide, Wavefunction 2001.

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

VŠCHT Praha
na sociálních sítích
zobrazit plnou verzi